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一、《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税﹝2012﹞38号）规定，自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，购进农产品不再凭增值税抵扣凭证抵扣增值税进项税额，实行农产品增值税进项税额核定扣除办法，但取得或开具真实合法的票据是购销货物的有效凭证，是财务会计核算和成本扣除的重要依据，也是相关法律、法规的要求，因此要求试点纳税人购进农产品应当按照《中华人民共和国发票管理办法》和有关规定取得或开具发票，并作为计算核定扣除的凭据。
二、按财税﹝2012﹞38号文件规定试点纳税人购进农产品不再凭增值税抵扣凭证抵扣增值税进项税额，试点纳税人购进农产品所取得增值税专用发票是否认证不作为核定扣除的前提条件。
三、为保证试点纳税人的抵扣权益，对试点纳税人按《通知》规定计算出允许抵扣的农产品进项税额当期未申报抵扣的，可结转到下期申报抵扣。
四、按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》规定，《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》第四条计算公式：“当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量”中的“当期销售货物数量”应当包含视同销售货物数量，同时，视同销售货物应按规定计算抵扣其进项税额。
五、对于新办试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，在其核定扣除标准未审批下发前，有参考标准的按参考标准执行，无参考标准的，待审核结果下发后按核定的扣除标准清算抵扣进项税额。
六、使用外购奶粉生产还原乳的试点纳税人，在购入时若最得了专用发票且已认证抵扣，在生产销售还原乳后按农产品核定扣除办法再次计算抵扣了进项税，存在重复抵扣问题，此类纳税人在年度终了后应根据其实际耗用的奶粉数量转出其对应的按核定扣除法计算抵扣的农产品进项税额。
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